태조는 1394년(태조 3) 10월에 한양 천도를 단행하였으며, 1395년 양주 일부지역을 한성부(漢城府)로 정하였다. 그리고 1396년 9월 여러 궁전을 위시하여 종묘와 사직·관아·도성 등의 축조 공사를 마쳤다. 이로써 양주를 중심으로 한 남양주지역도 새로운 지역편제의 대상이 되었다.

조선 초기 양주는 한양이 수도로 정해지면서 지양주사(知楊州事 : 오늘날의 서울 근처)로 강등되었다가 한양부를 한성부(漢城府)로 고치고 아전과 백성들을 견주(見州)로 옮기면서 양주군(楊州郡 : 오늘날의 양주)이라 하였다. 1397년에는 군에서 부(府)로 승격되었는데, 1413년(태종 13)에 이르러서는 도호부가 되었다.

1435년(세종 17)에는 지방행정을 정비하면서 경기의 철원을 강원도에 이속시키고 강원도 소속의 영평·연천·삭녕을 양주에 포함시켰으며, 임강·마전·장단과 양주 관할의 교하·임진·고양 등지의 고을을 원평부 소속으로 옮겼다. 그리고 1466년(세조 12) 양주는 목으로 승격되었고, 군제 편제에 따라 진(鎭)이 설치되었다.

연산군대에는 양주목이 폐지되고 일부가 사냥터로 사용되기도 하였으나 1511년(중종 6)에 다시 복주(復州)되었다. 1393년 11월 각 도에 계수관을 정하였는데, 경기좌도는 한양·철원이며, 경기우도는 연안(延安)·부평(富平)이었다. 이에 남양주지역은 한양에 속하게 되었다.